Caso você se depare com dois XMLs iguais de notas, no Gerenciamento de XMLs Conhecimento de Transporte (FNFX0203), do IntegraNFe, é necessário realizar algumas verificações nas informações.

Verificar juntamente com sua TI, via banco de dados, se existem registros duplicados na tabela TNFX_XMLS, pela chave de acesso do campo CHAVE_ACESSO_NFEL.
A possível causa são 2 serviços rodando juntos para a mesma base/mesmo diretório.
Pode ser corrigido pelo Acesso ao FoccoConfig, onde a infra da empresa do cliente já tem as informações de acesso ou contatar seu consultor.
Para corrigir os duplicados, é necessário um script.
Outras formas de buscar este artigo:
- Porque meu XML aparece duplicado no Gerenciamento de XMLs Conhecimento de Transporte?