Caso você esteja emitindo uma nota fiscal com desconto da zona franca de manaus, e não esteja saindo na Danfe o desconto do valor de ICMS ZONA FRANCA, e estiver saindo apenas os valores de PIS E COFINS ZONA FRANCA, está correto.  

Com as alterações de regras da sefaz será enviada no xml na tag  "VICMSDESON" que é o motivo de desoneração "motdesicms" com os valores de ICMS ZONA FRANCA.

Esta informação não é mais impressa na DANFE.