Verifique se a entrega da ECF deve ser CENTRALIZADA, e então, você deve gerar o arquivo através do programa Sped ECF (FFIS0280) pela empresa Matriz. 

O cadastro de Lançamentos da ECF (FFIS0166) também deve ser realizado pela empresa matriz. Para você identificar as empresas filiais, no caso da geração da ECF ser centralizada, deve preencher o parâmetro "9 - Informe o Código para a Empresa Matriz", dos parâmetros gerais do sistema.


Outras formas de encontrar este artigo:

A ECF deve ser gerada pela consolidada ou pela empresa matriz

Onde realizar o cadastro de lançamentos da ECF